Gmina Cekcyn to jedna z najbardziej zalesionych gmin w Polsce (68% jej powierzchni stanowią lasy). Znajduje się tu 27 jezior, ok. 130 pomników przyrody oraz aż 5 rezerwatów przyrody (najwięcej w całym województwie). Najcenniejszym z nich jest jeden z najstarszych i największych w Europie Rezerwat Cisów Staropolskich im. Leona Wyczółkowskiego w Wierzchlesie, objęty ochroną już od 1827r. Obecnie znajduje się tutaj około 3600 cisów. Najstarszym, a zarazem najokazalszym egzemplarzem jest liczący sobie około 600-700 lat cis zwany „Chrobrym”. Wstęp do „świętego gaju”, jak nazywał go Leon Wyczółkowski, który tworzył tu w okresie międzywojennym, jest bezpłatny.
Pozostałe rezerwaty występujące na terenie gminy Cekcyn to:
• Rezerwat „Źródła Rzeki Stążki”
• Rezerwat „Dolina Rzeki Brdy”
• Rezerwat cisów „Jelenia Góra” im. Kazimierza Szlachetko
• Rezerwat „Bagna nad Stążką”
Ponadto w miejscowości Gołąbek znajduje się park dendrologiczny, w którym na 2,6 ha zgromadzono 150 gatunków i odmian drzew oraz krzewów, łącznie z roślinnością bagienną. Naprzeciwko parku znajduje się wejście na ścieżkę przyrodniczo-dydaktyczną „Jelenia Wyspa”. Ta ostatnia wyznaczona została na terenie rezerwatu przyrody Bagna nad Stążką w południowo-wschodniej części Tucholskiego Parku Krajobrazowego nad rzeką Stążką, ok. 10 km od Cekcyna. Długość ścieżki wynosi 3,5 km. Wzdłuż niej wyznaczonych zostało 10 zaopatrzonych w tablice informacyjne przystanków.
Na terenie Gminy Cekcyn w 1997r. utworzony został zespół przyrodniczo-krajobrazowy „Dolina rzeki Ryszki” obejmujący obszar 358,41 ha w tym na terenie Gminy Cekcyn 190,90 ha. Celem ochrony jest dolina rzeki Ryszki, mocno wciętej w równinę sandrową Borów Tucholskich, zróżnicowana pod względem florystyczno-fitosocjologicznym i charakteryzująca się niezwykle malowniczym krajobrazem.
Podczas Międzynarodowej Rady Koordynacyjnej programu Człowiek i Biosfera, która miała miejsce w Paryżu na przełomie maja i czerwca 2010r., został utworzony Rezerwat Biosfery „Bory Tucholskie”, który swym zasięgiem również obejmuje terytorium gminy Cekcyn.
Od VII 1944r. do I 1945r. na obecnym obszarze gminy Cekcyn, w pobliżu miejscowości Wierzchucin, funkcjonował ściśle tajny poligon rakietowo-doświadczalny „Heidekraut” („Wrzos”). Był to największy poligon III Rzeszy, z którego wystrzelono blisko 300 rakiet V-2. Do tej pory na obszarze, który zajmował napotkać można leje po wybuchach rakiet, które spadły tuż po starcie. Co roku w sierpniu organizowana jest inscenizacja historyczna przypominająca tamte wydarzenia.