Oprócz prac budowlano-konserwatorskich przedsięwzięcie obejmowało gromadzenie zabytków do wyposażenia kościoła. Włocławskie muzeum pozyskało ponad sto pięćdziesiąt zabytków kościelnych, z których dużą część poddano konserwacji. Główne elementy wyposażenia – dwa ołtarze z Brzeźna oraz ambonę z kościoła w Ostrowitem k. Lipna przywrócono do stanu pierwotnego XVIII w. dzięki dofinansowaniu w ramach programu Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Przeniesioną do Kłóbki budowlę odtworzono w jej pierwotnym, barokowym kształcie. Zgodnie ze źródłami archiwalnymi dachy pokryto gontem osikowym, a barokową wieżyczkę z baniastym hełmem obito wiórem osikowym. W wieżyczce zawieszono dzwon pochodzący prawdopodobnie jeszcze z pierwotnej kaplicy, odlany w toruńskiej ludwisarni Fryderyka Becka w 1729 r.
Wnętrze kościoła odtworzono zgodnie z jego stanem sprzed rozbiórki. Znajduje się w nim empora (chór muzyczny) wsparta na dwóch słupach a pod sufitem szeroka faseta z malarskim fryzem z kartuszami o motywach maryjnych i chrystusowych. Na suficie w otoczeniu kłębiastych obłoków umieszczone jest przedstawienie Maryi Niepokalanej.
Wyposażenie i wystrój wnętrza pochodzą sprzed Soboru Watykańskiego II (1965 r.), gdy mszę odprawiano w rycie trydenckim, po łacinie, a kapłan, tak jak wierni, stał przodem do ołtarza.
Kościół można zwiedzać w godzinach otwarcia skansenu – w październiku codziennie oprócz poniedziałków w godzinach od 10.00 do 18.00, od listopada do kwietnia od godziny 10.00 do 16.00.